Progetto BiLiGeCT

Cogentech participated in 3 sessions with talks on a variety of topics related to BiLiGeCT project activities.

• MC Di Rosa: Evolution of Methods for the Identification of Methylation Profiles.
• D. Scionti: Diagnosis andClinical Follow-Up of Breast and Ovarian Cancers by Molecular Biology Techniques
• A. Gulino: Laser Capture Microdissection: a New Strategy in Tumor Diagnostics

Free molecular testing for targeted anti-cancer treatments

Sono stati definiti oltre mille marcatori in grado di individuare il tumore della prostata, del polmone e del colon, differenziare le forme più aggressive e suggerire terapie mirate. A questo risultato sono giunti i ricercatori dell’Istituto Superiore di Sanità - del Dipartimento di Oncologia e Medicina Molecolare, Core Facilities e centro di Statistica - in collaborazione con i centri clinici sparsi sul territorio nazionale che hanno arruolato i pazienti, nell’ambito del progetto BiLiGeCT (Biopsie liquide per la gestione clinica dei tumori, finanziato dal MUR).
"In studi precedenti - ha spiegato Désirée Bonci, il primo ricercatore dell’ISS che ha coordinato il gruppo di lavoro - avevamo isolato piccole vescicole (nanovescicole o esosomi) rilasciate dai tumori nei liquidi biologici, in particolare nel circolo sanguigno. In questo progetto abbiamo eseguito l’analisi del contenuto molecolare (proteine, frammenti di DNA e RNA) di queste nano-vescicole, che bene rappresentano il tessuto di origine, quindi le aberrazioni del tumore. Sono stati processati e analizzati oltre 900 campioni di esosomi, in pazienti con tumore della prostata, del polmone e del colon".
L’indagine è parte integrante del progetto BiLiGeCT, il cui obiettivo è sviluppare nuovi strumenti molecolari funzionali alla biopsia liquida, che vuole essere un approccio non invasivo ed eseguibile ripetutamente nel tempo senza effetti collaterali - un semplice prelievo di sangue, da affiancare ai metodi clinici oggi usati per migliorare gli screening, per esercitare la sorveglianza e per migliorare la scelta di un piano terapeutico. A tal fine, "sono anche in corso analisi statistiche e studi per la messa a punto di algoritmi di "deep learning" allo scopo di disegnare carte di identità di ogni paziente, che integrino espressione di antigeni e dati clinici, utilizzabili in un approccio personalizzato e di medicina di precisione. Nel contempo, si stanno ottimizzando prototipi sperimentali".
Nell’ambito del progetto si sono sviluppate ulteriori collaborazioni con centri di eccellenza tra cui l’Università Thomas Jefferson, (PH, USA), l’Università Cattolica del Sacro Cuore (Roma) e la società biotecnologica EXIRIS. I centri di riferimento che hanno arruolato i partecipanti e provveduto al prelievo ematico, nonché al processamento del plasma: sono l’ospedale San Giovanni Bosco (Torino), coordinato dal Prof. Giovanni Muto, oggi responsabile del UO di Urologia presso Maria Pia Hospital gruppo GVM Torino; Il centro oncologico IRST (Istituto Tumori della Romagna IRST- IRCCS, Meldola), coordinato dal Prof. Lucio Crinò e dalle Dott.sse Valentina Ancarani e Paola Ulivi; l’Istituto Nazionale Tumori Regina Elena IRCCS IRE-IFO Roma, diretto dal Prof. Gennaro Ciliberto; Istituto Oncologico del Mediterrano (IOM, Catania), coordinato dal Prof. Dario Giuffrida. Comunicato web

Nell’ambito del progetto BiLiGeCT, l’Università degli Studi di Torino (UNITO) ha collaborato con l’Istituto Oncologico del Mediteraneo (IOM) per l’identificazione di signature mutazionali (letteralmente firme molecolari presenti nel genoma del tumore) al fine della diagnosi e della gestione clinica dei tumori del colon-retto (CRC). Inizialmente IOM ha reclutato i pazienti e ha raccolto campioni seriali di sangue attraverso prelievo venoso. Grazie a procedure trasferite da UNITO ad IOM, quest’ultimo ha estratto il DNA dal tumore, successivamente sottoposto al sequenziamento, e il DNA libero circolante (cfDNA) dai campioni di sangue. In seguito, UNITO ha effettuato analisi di tipo biomecolare sia sul DNA ottenuto dal tessuto tumorale che sul cfDNA. Le analisi di sequenziamento sono state eseguite attraverso una tecnica nota come Next Generation Sequencing (NGS) e la relativa analisi bioinformatica ha consentito di identificare mutazioni "trunk" (ovvero mutazioni presenti in tutte le regioni del tumore) o "driver" (ovvero mutazioni responsabili del fenotipo tumorale e della eventuale resistenza a terapie a bersaglio molecolare) in specifici geni nel tessuto tumorale del paziente. Attraverso la ddPCR (Droplet Digital PCR), una tecnica ad elevata sensibilità di quantificazione del DNA, si è proceduto alla ricerca delle medesime mutazioni trunk/driver nel cfDNA degli stessi pazienti. La quantificazione del cfDNA nel sangue viene definita biopsia liquida in quanto rappresenta un esame diagnostico, non invasivo altamente sensibile e ripetibile come alternativa alla biopsia tissutale e permette pertanto di seguire l’andamento della malattia e la risposta alle terapie. Per alcuni dei pazienti inclusi nelle nostre analisi l’utilizzo della biopsia clinica ha infatti permesso di predire la progressione clinica della malattia. I dati emersi da questo progetto rafforzano l'applicazione medica della biopsia liquida per definire la prognosi e il trattamento dei tumori del colon-retto.

On February 6, 2019, the Kick-off Meeting of the project "Liquid Biopsies for Clinical Management of Tumors" (BiLiGeCT) supported with funding from MIUR under PON Research & Innovation 2014-2020 was held in Rome at the headquarters of the Istituto Superiore della Sanita (ISS). The project was proposed by Cogentech, a Benefit Society Ltd. of IFOM, in collaboration with the National Interuniversity Consortium for Innovative Synthesis Methodologies and Processes (CINMPIS, involving the University of Catania and the University of Messina), the Istituto Superiore di Sanità (ISS), the University of Turin (UniTO), the Istituto Oncologico del Mediterraneo spa (IOM) and CaReBios srl. BiLiGeCT proposes innovative research aimed at developing new and superior technological solutions to improve two fundamentally important, albeit imperfect, aspects in oncology: early diagnosis and therapeutic appropriateness.

On January 21, 2020, a teleconference meeting was held in which all partners participated. The results obtained in the first 6 months of the project were presented and ways of collaboration among partners were discussed.

A teleconference meeting was held on November 24, 2020, which was attended by all partners. The results obtained in the last SAL were presented and ways of collaboration among partners were discussed.

A teleconference meeting was held on November 24, 2020, which was attended by all partners. The results obtained in the last SAL were presented and ways of collaboration among partners were discussed.

A teleconference meeting was held on March 18, 2021, which was attended by all partners. The results obtained in the last SAL were presented and ways of collaboration among partners were discussed.

A teleconference meeting was held on July 23, 2021 in which all partners participated. The results obtained in the second year of the project were presented and the ways of collaboration among partners were discussed.

A teleconference meeting was held on March 1, 2022, which was attended by all partners. The results obtained in the last SAL were presented and ways of collaboration among partners were discussed.

A teleconference meeting was held on July 12, 2022 in which all partners participated. The results obtained in the third year of the project were presented and the ways of collaboration among partners were discussed.

On December 5, 2022, an in-person meeting was held in Cogentech headquarters in Catania in which almost all partners participated. The results obtained during the project were presented and ways of disseminating the results were discussed.