Cosa Offriamo
Il personale della Unità di Genomica vanta 15 anni di esperienza nel settore delle tecnologie Next Generation Sequencing e mette il proprio know-how a supporto dei vostri progetti di ricerca. Utilizziamo piattaforme tecnologiche di ultima generazione ed offriamo supporto completo in applicazioni includenti RNA-seq, DNA-seq, ChIP-seq, sequenziamento dell'esoma (WES) e di pannelli genici, studi a Singola Cellula e basati su Trascrittomica Spaziale. Offriamo inoltre supporto a Trials Clinici.
Servizio
L'Unità garantisce un supporto professionale per le differenti fasi del progetto di ricerca, dalla ottimizzazione del disegno sperimentale sino alla interpretazione funzionale del risultato ottenuto. È prevista la identificazione dell'approccio metodologico ideale per il raggiungimento dell'obiettivo sperimentale, il controllo di qualità degli acidi nucleici, la generazione delle librerie di frammenti indicizzate, il sequenziamento e la analisi dei risultati per applicazioni selezionate. Siamo disponibili alla personalizzazione di protocolli per esigenze specifiche. La consegna dei risultati di sequenziamento è effettuata via web, utilizzando una piattaforma con interfaccia intuitiva ed accesso protetto da password.
Innovazione
La nostra comprensione del funzionamento del genoma progredisce velocemente, anche grazie allo sviluppo di metodologie che utilizzano il sequenziamento NGS, sviluppate a ritmi sempre maggiore. Restare aggiornati con i progressi tecnologici richiede un impegno costante. Siamo dedicati alla costante implementazione di nuovi approcci per tenere aggiornate le nostre competenze e renderle disponibili alla comunità scientifica. Offriamo sequenziamenti basati su nanoporo (Oxford Nanopore), applicazioni 'omiche' a singola cellula eseguite su strumentazione Chromium (10X Genomics) oltre a supportare progettualità di Trascrittomica Spaziale.
Qualità
La Unità di Genomica ha una esperienza decennale nel settore delle tecnologie genomiche, iniziata nel 2008 con un sequenziatore Genome Analyzer II di Illumina, ed ampliata negli anni attraverso l'utilizzo di sequenziatori Illumina HiSeq2000, MiSeqDx, e NextSeq550Dx, con gli ultimi due attualmente in uso. Effettuiamo controlli di qualità durante l'intero flusso di lavoro ed operiamo secondo i criteri GLP (Good Laboratory Practice). Le nostre procedure ed i protocolli operativi sono aggiornati periodicamente per garantire la massima efficienza.
Cogentech è una società Certificata ISO9001/2015.
UNI EN ISO 9001:2015 n. IT324391
Servizi
Applicazioni
da DNA
- DNA-Seq
- ChIP-Seq
- Applicazioni specifiche (ChIA-PET, ATAC-Seq, 16S, Hi-C, etc)
- Sequenziamento di Pannelli genici personalizzati
- Sequenziamento del Genoma a bassa copertura (Lowpass WGS)
- Sequenziamento dell'Intero Esoma (WES)
- Sequenziamento Genomico completo (WGS) per piccoli genomi
Applicazioni
da RNA
- mRNA-Seq
- totRNA-Seq
- smallRNA-Seq
Data analisi,
Single Cell
e Altro
- Supporto per la analisi dei risultati (applicazioni selezionate)
- Studi –Omici a Singola Cellula (10X Genomics and DropSeq)
- Sequenziamento DNA/RNA a Singola molecola basato su Nanoporo (Oxford Nanopore Technologies)
- Approcci di Trascrittomica Spaziale (10X Genomics Visium)
FAQ
Di seguito una lista delle domande più frequenti:
Per avere informazioni o per rivolgere quasiasi domanda puoi scrivere a genomicunit[@]cogentech.it
La Genomic Unit offre un'ampia lista di tipologie di sequencing per DNA, RNA, studi di epigenetica, approcci single cell e supporto bioinformatico per determinate applicazioni. Potete contattarci per ulteriori dettagli.
La nostra facility è in grado di offrire un servizio completo, che include reagenti e flowcell. Per particolare esigenze potete sempre contattarci.
È possibile avere il servizio di analisi dati per determinate applicazioni ad un costo aggiuntivo.
La Facility richiede acidi nucleici già estratti.
Sì, possiamo utilizzare protocolli alternativi specifici per piccole quantità di RNA. Contattaci a genomicunit[@]cogentech.it per discutere meglio delle tue esigenze sperimentali.
La facility effettua di routine dei controlli per verificare quantità e qualità sia del materiale di partenza, sia dei prodotti intermedi e delle librerie finali (utilizzando il Bioanalyzer per verificare l'integrità ed il Qubit per la quantifica delle concentrazioni di DNA/RNA).
Certamente. Devono essere fornite alla Genomic Unit ad una concentrazione di 2nM, indicando la dimensione media della libreria (espressa in bp) e i dettagli degli indici utilizzati. Effettueremo comunque un controllo qualità al Bioanalyzer delle librerie fornite.
Attualmente utilizziamo un sequenziatore Illumina NextSeq550Dx, un Illumina MiSeqDx e un sequenziatore della Oxford Nanopore Technologies.
Per minimizzare eventuali fallimenti nella corsa di sequenziamento effettuiamo un QC dopo ogni step sperimentale. Tuttavia a volte una corsa di sequenziamento puó fallire per diverse ragioni (ad esempio: malfunzionamento dello strumento, errore tecnico, problemi legati al campione). Se le successive verifiche dovessero indicare che il fallimento è causato da un nostro errore, l'analisi verrà ripetuta senza alcun costo aggiuntivo.
Nel caso i tuoi campioni non dovessero passare il QC, ti contatteremo direttamente per discutere delle eventali opzioni. Se possibile puoi reinviarci un campione sostitutivo, altrimenti èpossibile processare comunque il campione, in tal caso la facility si riserva da ogni responsabilità.
L'invio dei campioni deve essere effettuato a temperatura controllata (RNA in ghiaccio secco/DNA a +4 °C). Si prega di pianificare la spedizione in maniera da evitare la consegna dopo le 17:00 del venerdì o nei fine settimana. Le spedizioni in questi orari non saranno accettate. È vostro dovere assicurarvi che il controllo della temperatura sia garantito durante la consegna del campione. Se la spedizione del campione attraversa un confine extra-UE, i dazi doganali saranno applicati nella fattura. L'indirizzo di spedizione è: Genomic Unit c/o Cogentech Via Adamello 16 20139 Milano (IT)
L'eventuale materiale biologico non utilizzato durante il processamento verrà tenuto a temperatura controllata per un periodo di 6 mesi oltre il quale sarà eliminato senza preavviso. L'utente ha facoltà di richiedere la restituzione dello stesso entro e non oltre tale termine. La restituzione verrà effettuata a carico dell'utente.
L'utente potrà scaricare i raw data in formato fastq.gz tramite un sistema di trasferimento web-based protetto da password. Nel caso sia stato richiesto il servizio di data analisi, i dati verranno consegnati come txt o jpg.
Puoi contattarci scrivendo una mail a genomicunit[@]cogentech.it.
Staff e Contatti
Simone Minardi
Simone Minardi si è laureato in Scienze Biologiche all'Università di Pavia nel 1997. Dopo due anni presso l'Istituto Mario Negri di Milano, decide di focalizzare le sue energie su una nuova tecnologia, i microarrays. Inizia a sviluppare questo nuovo approccio post-genomico al Istituto Europeo di Oncologia, per poi passare al IFOM e nei ultimi anni in Cogentech alla guida della Genomic Unit.
Mirko Riboni
Mirko Riboni dopo un Diploma Universitario in Tecnico di Laboratorio Biomedico, inizia nel 1997 a lavorare al Tigem di Milano in un gruppo di ricerca specializzandosi nell'utilizzo di sequenziatori automatici a metodica Sanger per spostarsi dopo tre anni in IFOM. Come naturale evoluzione del percorso lavorativo continua l'attività nell' Unità di Genomica, che utilizzando il sequenziamento di nuova generazione, NGS, supporta i gruppi di ricerca dell'istituto da oltre 15 anni.
Claudia Valli
Claudia Valli si è laureata in Scienze Biologiche all'Università degli Studi di Milano nel 2005. Durante gli anni successivi consegue il phD in Specialista in Ricerca Farmacologica presso l'Istituto Mario Negri di Milano. La passione per l'aspetto tecnico della ricerca la porta nel 2009 alla Microarray Unit, ora Genomic Unit, dove attualmente lavora come senior technician.
Contatti
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+39 02 574303856 - Email
genomicunit [@] cogentech.it
